Según algunas leyendas griegas y latinas Sebastián habría nacido en Milán, según otras en Narbona, pero todas coinciden en que su madre era milanesa y su padre un funcionario romano en la Galia.La leyenda más antigua es la "Passio Sancti Sebastiani", atribuída a San Ambrosio. De ésta derivan todas las demás. La Passio cuenta que Sebastián llega a Roma para formar parte como oficial de la guardia personal de Diocleciano, tras haberse distinguido entre los pretorianos.
En Roma tiene la oportunidad de frecuentar familias cristianas de la aristocracia, junto a las cuales ejercita una intensa labor de propaganda y de apoyo y asistencia a los cristianos encarcelados o condenados a muerte.
Entre las numerosas y prodigiosas conversiones efectuadas por Sebastián figuran muchas personas de la aristocracia romana.
Descubierto mientras intentaba dar sepultura a los Cuatro Mártires Coronados, es llevado a juicio, y condenado a muerte mediante el suplicio de flechas. Conducido fuera de la cuidad por sus compañeros de armas, es desnudado y atado a un árbol, es blanco de numerosas flechas.
Cuando por la noche los cristianos van al campo para recuperar sus restos y darle sepultura, descubren que todavía está vivo. Confiado al cuidado de Irene, recupera la salud.
Desoyendo los ruegos de sus compañeros que querían que abandonase Roma, se presenta en un rito público en el que participa el mismo emperador Diocleciano.
Arrestado, lo llevan al hipódromo donde lo matan a bastonazos. Para impedir que los cristianos lo recuperasen y lo hiciesen objeto de veneración, su cadáver es arrojado a una cloaca. Sin embargo, sus restos fueron encontrados y sepultados en las catacumbas de la vía Apia.