El original púlpito de piedra del santuario es otro elemento cuya fecha de realización es todo una incógnita. El material empleado, la piedra, así como una inscripción casi ilegible que aparece en un medallón grabado en el antepecho nos hace pensar que es un elemento anterior a la construcción de la antigua ermita de S. Sebastián. En dicha inscripción aparece una fecha que parece ser 1300, pero es casi imposible que en esa fecha existiera en Trebujena una comunidad cristiana con fuerza suficiente como para tener un templo, ya que estas tierras fueron conquistadas definitivamente por Alfonso X en 1264 y se supone que fueron repobladas bastante después.
De todas formas es un elemento peculiar. Tiene forma de cáliz octogonal, y esta decorado con motivos vegetales diferentes en cada una de sus caras. El tornavoz, a modo de tapa, sigue la forma octogonal y ostenta un medallón con la iconografía de la paloma. El fuste tiene forma de columna salomónica y pudiera ser un añadido.
Según se puede observar en fotos de los años 40, el lugar donde se encuentra ahora no fue su emplazamiento original, ya que estaba junto a la hornacina de S. Sebastián, casi en el centro de la nave.